Der Fluss tritt in dem Altaivorland ein und wendet sich in einem weiten Bogen in nordöstliche bis östliche Richtung. Dabei nähert sich der Tscharysch dem nördlicher verlaufenden Alei. Er durchfließt die in diesem gebirgsnahen Bereich hügelige Steppenlandchaft im Unterlauf stark mäandrierend, bis er schlieβlich zwischen dem Dorf Ust-Tscharysch und dem Verwaltungszentrum Ust-Tscharyschskaja Pristan in den Ob mündet.
Nicht zuletzt wegen der relativ günstigen Verkehrsanbindung auch des Oberlaufes sind der Tscharysch und einige seiner Nebenflüsse beliebtes Ziel für Wassersportler und -touristen.